視診・触診、X線写真（レントゲン写真）、マイクロスコープ診査など、各種検査機器を適切に用いて、診察・検査・診断を行います。

むし歯治療を始める前準備として、クリーニングを行います。歯石や歯垢（プラーク）を取り除いておきます。
必要に応じて麻酔（局所麻酔）を行います。
ラバーダムを設置します。
ラバーダムを設置することで、治療中の水や薬品が喉に流れ込むことや、唾液中の細菌（口腔常在菌）が患部に入ることを防げるようになります。
また、患部を乾燥させることができるので、治療に使う接着剤や樹脂材料の、本来の性能を発揮できるようになります。
（ラバーダムが設置できない場合は、zooという吸引乾燥装置を使います）

マイクロスコープで観察しながら、むし歯を除去していきます。
この段階はいわゆる「歯を削る」というステップになります。
やみくもに歯を削るのではなく、患部をしっかり取り除くのだととらえてください。

むし歯を取り除いた後は、歯髄（歯の神経）の保護とむし歯の再発防止に努めます。
むし歯の発症は、本来であれば外部に露出していない「象牙質」という部分がむき出しになっている状態です。この状態が続くと、むし歯の再発リスクが高くなります。
これを防ぐためにまず、ハイドロキシアパタイトやMTAによって、ダメージを受けた象牙質にカルシムを充填します。
そして、歯にくっつく樹脂材料によって露出した象牙質を保護します。
これで「治療」は完了となりますので、次は「修復」の工程に進んでいきます。

「治療」の次は歯の機能と形の「修復」の工程へと進んでいきます。
むし歯の浸食状況やかみ合わせを考慮して、適切な修復方法を検討していきます。
具体的には以下のような方法を検討します。
・クラウン
・歯を部分的に修復するインレー、アンレー、ダイレクトボンディング